Áfangakerfið gerir nemendum kleift að skipuleggja nám sitt í skólanum og kemur til móts við nemendur, óskir þeirra, áhuga og hæfni. Nemendur geta að nokkru leyti ráðið námshraða sínum.
Námsbrautir til stúdentsprófs eru þrjár: félagsgreinabraut, listnámsbraut og náttúrufræðibraut. Auk þess geta nemendur valið á milli nokkurra námslína á hverri braut. Allar námsbrautir eru settar saman úr áföngum eða áfangakeðjum.
Í áfangakerfi skiptist skólaárið í haustönn og vorönn. Í ME skiptist hver önn í tvær 8 vikna spannir. Alls er skólaárið 180 dagar og á skóladagatali má sjá spannskiptingu og nánara skipulag skólastarfsins. Nemendum er skipt í hópa eftir áföngum og eru því með mismunandi stundatöflur.
Námslok miðast við að nemendur hafi lokið tilskildum áföngum og einingafjölda samkvæmt námskrá brautar. Brautskráningar fara fram í desember og maí ár hvert.
Námsframboð skólans miðast við fyrrgreindar námsbrautir en einnig er reynt að tryggja nemendum fjölbreytt úrval valáfanga svo þeir geti lagað námið að sínum þörfum og áhugasviðum. Áfangastjóri gefur út áfangaframboð fyrir hverja önn auk áætlaðs langtímaframboðs. Boðið er upp á fjarnám í flestum áföngum sem kenndir eru í dagskóla.
Samhliða nýrri aðalnámskrá framhaldsskóla frá árinu 2011 voru tekin upp ný áfangaheiti. Í áfangakerfinu er öllum áföngum á framhaldsskólastigi raðað niður á fjögur hæfniþrep, sem kallast 1., 2., 3. og 4. þrep.
Hvert áfangaheiti byggist á níu stöfum sem vísar í námsgreinina sjálfa, hæfniþrep, efnistök áfangans, auk einingafjölda. Fyrstu fjórir stafirnir eru einkennisstafir námsgreinar, fimmti stafur lýsir hæfniþrepi áfangans, sjötti og sjöundi stafur lýsa nánar viðfangsefni áfangans innan námsgreinar, áttundi og níundi stafur segja til um einingafjölda áfangans.
Meðalnám á hverri önn samsvarar 30-35 framhaldsskólaeiningum, það eru 15-17 einingar á spönn að íþróttum undanskildum. 1 eining samsvarar 18-24 klukkustunda vinnu meðalnemanda eða 3 daga vinnu miðað við 6-8 klukkustundir á meðaltali á dag.