Skólinn kappkostar að koma til móts við alla nemendur og býður upp á nám á þremur stúdentsbrautum en auk þess eru tvær framhaldsskólabrautir við skólann sem og starfsbraut fyrir nemendur sem hafa viðurkennd greiningargögn, t.d. einhverfu. Framhaldsskólabrautum er ætlað að mæta þörfum nemenda sem óska eftir stuttu hagnýtu námi eða þurfa sérstakan undirbúning áður en þeir hefja nám á stúdentsbrautum. Nemendur á starfsbraut fá stuðning við námið og geta fengið einstaklingsmiðað námsefni.
Skólaárið er tvær annir og hver önn skiptist í tvær 8 vikna spannir. Meðalnám á hverri spönn er 15-18 einingar (3-4 áfangar) og lýkur nemandi því 60-70 einingum á skólaárinu. Lögð er áhersla á fjölbreyttar kennslu- og námsmatsaðferðir til þess að mæta margbreytilegum hópi nemenda. Í viðhorfskönnunum kemur fram mikil ánægja með spannakerfið þar sem nemendur einbeita sér að fáum áföngum í einu.
Fílaði þetta spannakerfi alveg í döðlur sko – umsögn fyrrverandi nemanda í ME
Daglegur vinnutími nemenda í ME hefst klukkan 9:00 og lýkur klukkan 15:00 eða 15:50. Auk þess geta nemendur valið íþróttir klukkan 8:00-8:45. Stundatafla nemenda er samfelld, nemendur fara í verkefnatíma þegar ekki eru bundnir tímar í námsgrein.
Athygli er vakin á því að á stundatöflum nemenda eru stundum skráðir tímar eftir klukkan 15:00 á föstudögum. Þetta eru tímar sem eru kenndir utan hefðbundinnar töflu, stundum að fullu í fjarnámi eða námskeið sem stendur yfir eina helgi. Ekki er ætlast til að nemendur mæti í þessa tíma seinnipart föstudags. Dæmi um þetta er bóklegur íþróttaáfangi sem skráður er í töflu seinnipart föstudags en kennsluefni áfangans er að finna á kennsluvef og nemendur geta leyst verkefnin hvenær sem er á spönninni.
Kennslustundum er skipt í bundna tíma og verkefnatíma. Bundnar kennslustundir í 5 eininga áfanga eru 5x55 mínútur. Í bundnum tímum er nemandinn í kennslustund hjá kennaranum í faginu. Verkefnatímar sem fylgja hverju 5 eininga fagi eru 4x55 mínútur. Í verkefnatímum vinna nemendur, einir eða í hópum, að verkefnum í þeim námsgreinum sem þeir stunda þá spönnina og hafa kennara sér til aðstoðar. Oft er hægt að ljúka heimavinnu í verkefnatímum og getur því nemandinn sinnt öðru eftir að skóladegi lýkur. Kennsluhættir taka mið af aukinni verkefnavinnu og stuðla verkefnatímar að aukinni virkni og ábyrgð nemandans. Eru flestir sammála um að kerfið henti nemendum mjög vel. Skyldumæting er í verkefnatíma rétt eins og bundna tíma.
Miðað er við að nemandi í fullu námi ljúki um 30 einingum á hverri önn og þarf hann sérstaka heimild áfangastjóra til að skrá sig í fleiri einingar. Við skráningu í áfanga skal virða reglur um undanfara.
Sé nemandi undir viðmiðunarmörkum fjarvistareglna í lok annar telst hann fallinn á mætingu. Falli nemandi á önn vegna skólasóknar getur skólameistari sett nemandanum skilyrði fyrir áframhaldandi skólavist á næstu önn.